Sedan hösten 1996 tillverkas Appenzeller®-ost även av ekologisk mjölk (i enlighet med BIO-SUISSE-riktlinjer). I smak skiljer den sig inte alls från Appenzeller® Silver Label med lika lång lagringstid. Den enda skillnaden finns på utsidan i form av kantmärkningen (BIO) och den speciella BIO-etiketten.